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既然可以在芯片上原位读取序列,那是否也能在芯片上原位“捕获”序列呢?于是,Stereo-seq(空间组学技术)诞生了。我们改造了芯片,让平整的硅基芯片上阵列化地排布着DNB,每个DNB上都附着着大量带有“地址编码(空间坐标条码CID)”和“分子条码(UMI)”的探针。当我们把组织切片铺在芯片上时,组织细胞释放的RNA就会被这些探针原位捕获,因为每个探针都自带地址,我们就实现了在保留空间位置信息的前提下进行测序。

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另外,极低细胞输入会影响性能。在处理非常稀少的细胞样本时(比如一张芯片只放200个细胞),文库的复杂度会下降,影响数据质量。未来可以通过优化测序深度、改进生化反应体系等策略来改善。

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