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印度航空空难初步调查报告

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既然可以在芯片上原位读取序列,那是否也能在芯片上原位“捕获”序列呢?于是,Stereo-seq(空间组学技术)诞生了。我们改造了芯片,让平整的硅基芯片上阵列化地排布着DNB,每个DNB上都附着着大量带有“地址编码(空间坐标条码CID)”和“分子条码(UMI)”的探针。当我们把组织切片铺在芯片上时,组织细胞释放的RNA就会被这些探针原位捕获,因为每个探针都自带地址,我们就实现了在保留空间位置信息的前提下进行测序。

因为细胞是铺在平面上的,我们可以先用显微镜给它们拍一张“集体照”。通过这张照片,结合后续的测序数据,算法可以精确地定位每个细胞、分割出它的边界,并把那些靠得太近或者重叠的“双细胞”剔除掉。我们还可以结合免疫荧光染色,在测序前就看到某些关键蛋白在细胞上的分布。最终,我们能在一张芯片上,同步获得从几百到上百万个细胞的转录组信息、蛋白表位信息和细胞形态位置信息,实现真正意义上的高通量、多模态单细胞分析。

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